感染管理和控制制造技术

技术编号:17310163 阅读:25 留言:0更新日期:2018-02-19 10:01
用于使用基因组子类型信息监测并确定抗菌药抗性和抗菌药处置的方法和系统。各种实施例利用分子流行病学和下一代测序技术(NGS)来监测多药抗性病原体,并且提供对新兴微生物威胁的早期了解。

Infection management and control

Methods and systems for monitoring and determining antibiotic resistance and antimicrobial treatment using genomic subtypes information. Various implementations use molecular epidemiology and next generation sequencing technology (NGS) to monitor multidrug resistant pathogens, and provide early understanding of emerging microbial threats.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】感染管理和控制
本文中描述的各种实施例总体涉及感染的管理和控制,并且更具体涉及基因组数据用于感染控制和管理的使用。
技术介绍
医疗保健相关感染(HAI)是患者在针对另一状况的医疗保健处置期间获得的感染。医学文献中的HAI被称为“医院”感染。HAI能够是致命的、趋于普遍存在的,并且包括细菌性和真菌性原因两者。医院感染能够引起若干肺炎以及泌尿道、血流和身体的其他部分的感染。许多类型难以利用抗生素来攻击,并且其抗生素抗性正在传播到能够在医院环境外感染人的革兰氏阴性菌。在美国,医院背景下的最频繁的感染类型是泌尿道(36%),紧接着是外科手术部位感染(20%),并且然后是血流感染和肺炎(两者均为11%)。大约二十五分之一的住院患者将会接触HAI。在2011年进行的研究估计在美国急诊医院中存在大约722000例HAI。大约75000名具有HAI的住院患者在其住院期间死亡,并且那些患者中的多于一半在重症监护室外被处置。在1992年基于医院感染控制效果(SENIC)的研究(在1970年代中期进行的一项研究)公布了HAI的显著经济结果。在公布的时候,HAI在医疗保健上的直接成本估计在66.5亿美元(针对通货膨胀进行调整)。然而,最近公布的证据将现在的HAI直接成本至于284与338亿美元之间。该成本的大部分与更长时间的患者停留、医院的检疫隔离部分、以及发现并根除感染的来源有关。
技术实现思路
提供该
技术实现思路
来以简明的形式来引入选择的概念,其在下文中的详细描述的部分中被进一步详细描述。该
技术实现思路
并非旨在识别或排除请求保护的主题的关键特征或实质特征,也不旨在被用作对确定请求保护的主题的范围的辅助。存在对允许特别是临床环境中的对感染的改善的管理和控制的方法和系统的需要。不太昂贵的基因组测序技术的出现提供了不断增长的机会在管理和防止医疗保健相关感染的任务方面帮助医学从业者。各种实施例利用来自感染部位的基因组测序数据来生成可执行信息,以帮助感染控制部门和其他医院职员管理和控制医疗保健相关感染。特别地,各种实施例比较来自一个分离物的序列与来自从医院中的患者获取的其他样本的序列(两者是同时的且历史的),以例如,如果另一患者可能已经不经意地传播疾病则确定感染的路径。各种实施例还能够使用基因组信息和临床信息跟踪患者之间的共性,以帮助从业者确定传播的潜在原因(例如,共用的医学仪器等)。在一个方面中,各种实施例涉及一种用于生成基因组数据和临床数据的混合显示的计算机执行方法,所述方法包括:提供计算机处理器,所述计算机处理器被配置为:接收描述从至少一个患者分离的至少一个基因组的基因组数据;接收电子患者数据;以及提供使用所述基因组数据选择的所述电子患者数据的至少子集的图形显示。在一个实施例中,所述图形显示包括用户接口元件,当被选择时,所述用户接口元件实施与感染控制相关联的动作。在一个实施例中,所述图形显示是共性绘图。所述共性可以是,例如,感染模式共性。在一个实施例中,所述图形显示是受与所述基因组数据相关联的有机体感染的患者的列表,其中,至少一个列出的患者与另一列出的患者共享至少一个感染模式共性,并且这样的患者在所述患者的列表中被突出。在一个实施例中,所述图形显示是受与所述基因组数据相关联的有机体感染的患者的树视图,其中,所述树中的每个节点表示感染的患者,并且所述树中的每个链接连接其患者感染有具有相似基因组的有机体的菌株的两个节点。在一个实施例中,所述图形显示是矩阵视图,其中,每个行是医院病房的房间,每个列是与所述房间相关联的床,每个患者与他们占用的至少一个床相关联地被显示,并且每个患者显示根据从该患者分离的所述基因组数据进行区分。在一个实施例中,所述图形显示并列地呈现具有相似的分离的基因组数据的患者。在一个实施例中,所述图形显示是针对与所述基因组数据相关联的多个目标有机体和多个抗菌药的抗菌谱。在一个实施例中,所述图形显示是感染有与所述基因组数据相关联的有机体的患者的电子患者数据的时间线显示。在另一方面中,各种实施例涉及一种计算机可读介质,其包含用于执行用于生成基因组数据和临床数据的混合显示的方法的计算机可执行指令。所述介质包括:用于接收描述从至少一个患者分离的至少一个基因组的基因组数据的计算机可执行指令;用于接收电子患者数据的计算机可执行指令;以及用于提供使用所述基因组数据选择的所述电子患者数据的至少子集的图形显示的计算机可执行指令。在一个实施例中,所述图形显示包括用户接口元件,当被选择时,所述用户接口元件实施与感染控制相关联的动作。在一个实施例中,所述图形显示是共性绘图。所述共性可以是,例如,感染模式共性。在一个实施例中,所述图形显示是受与所述基因组数据相关联的有机体感染的患者的列表,其中,至少一个列出的患者与另一列出的患者共享至少一个感染模式共性,并且这样的患者在所述患者的列表中被突出。在一个实施例中,所述图形显示是受与所述基因组数据相关联的有机体感染的患者的树视图,其中,所述树中的每个节点表示感染的患者,并且所述树中的每个链接连接其患者感染有具有相似基因组的有机体的菌株的两个节点。在一个实施例中,所述图形显示是矩阵视图,其中,每个行是医院病房的房间,每个列是与所述房间相关联的床,每个患者与他们占用的至少一个床相关联地被显示,并且每个患者显示根据从该患者分离的所述基因组数据进行区分。在一个实施例中,所述图形显示并列地呈现具有相似的分离的基因组数据的患者。在一个实施例中,所述图形显示是针对与所述基因组数据相关联的多个目标有机体和多个抗菌药的抗菌谱。在一个实施例中,所述图形显示是感染有与所述基因组数据相关联的有机体的患者的电子患者数据的时间线显示。通过对下文的详细描述的阅读以及对相关联的附图的查看,表征所提出的非限制性实施例的这些和其他特征和优点将是明显的。应当理解,先前的总体描述以及下文的详细描述都仅仅是解释性的,并且并不是对请求保护的非限制性实施例的限制。附图说明参考如下附图来描述非限制性和非穷举性实施例,在附图中:图1描绘了用于生成基因组数据和临床数据的混合显示的方法的一个实施例;图2是用于生成基因组数据和临床数据的混合显示的装置的实施例的示意表示;图3是作为通过各种实施例生成的时间线的基因组数据和临床数据的混合显示的范例;图4是作为通过各种实施例生成的抗菌谱和感染模式共性绘图的基因组数据和临床数据的混合显示的范例;图5是作为通过各种实施例生成的受有机体感染的患者的列表视图的基因组数据和临床数据的混合显示的范例;图6是作为通过各种实施例生成的受有机体感染的患者的树视图的基因组数据和临床数据的混合显示的范例;图7是显示关于有机体的一个具体子类型的更多信息的图6的显示;图8是作为通过各种实施例生成的病房视图的基因组数据和临床数据的混合显示的范例;图9是作为通过各种实施例生成的受有机体感染的患者的列表视图的基因组数据和临床数据的混合显示的范例;图10是作为通过各种实施例生成的受有机体感染的患者之间的共性视图的基因组数据和临床数据的混合显示的范例;以及图11是作为通过各种实施例生成的受有机体感染的患者的分支视图的基因组数据和临床数据的混合显示的范例。尽管在本文中呈现的各附图中描述的若干实施例聚焦于具体特征,但是其他实施例以组合形式包括这些本文档来自技高网...
感染管理和控制

【技术保护点】
一种用于生成基因组数据和临床数据的混合显示的计算机执行方法,所述方法包括:提供计算机处理器,所述计算机处理器被配置为:(a)接收描述从至少一个患者分离的至少一个基因组的基因组数据;(b)接收电子患者数据;以及(c)提供使用所述基因组数据选择的所述电子患者数据的至少子集的图形显示。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.03.12 US 62/132,1681.一种用于生成基因组数据和临床数据的混合显示的计算机执行方法,所述方法包括:提供计算机处理器,所述计算机处理器被配置为:(a)接收描述从至少一个患者分离的至少一个基因组的基因组数据;(b)接收电子患者数据;以及(c)提供使用所述基因组数据选择的所述电子患者数据的至少子集的图形显示。2.根据权利要求1所述的计算机执行方法,其中,所述图形显示包括用户接口元件,当被选择时,所述用户接口元件实施与感染控制相关联的动作。3.根据权利要求1所述的计算机执行方法,其中,所述图形显示是共性绘图。4.根据权利要求3所述的计算机执行方法,其中,所述共性是感染模式共性。5.根据权利要求1所述的计算机执行方法,其中,所述图形显示是受与所述基因组数据相关联的有机体感染的患者的列表,其中,至少一个列出的患者与另一列出的患者共享至少一个感染模式共性,并且这样的患者在所述患者的列表中被突出。6.根据权利要求1所述的计算机执行方法,其中,所述图形显示是受与所述基因组数据相关联的有机体感染的患者的树视图,其中,所述树中的每个节点表示受感染的患者,并且所述树中的每个链接连接其患者感染有具有相似基因组的有机体的菌株的两个节点。7.根据权利要求1所述的计算机执行方法,其中,所述图形显示是矩阵视图,其中,每个行是医院病房的房间,每个列是与所述房间相关联的床,每个患者与他们占用的至少一个床相关联地被显示,并且...

【专利技术属性】
技术研发人员:S·卡玛拉卡兰P·马伊高达H·林S·肖他尼
申请(专利权)人:皇家飞利浦有限公司
类型:发明
国别省市:荷兰,NL

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