与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel‑Ts2分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel‑Ts2分子标记及其应用。该分子标记由ME5所示的上游引物和EM6所示的下游引物组成。该分子标记具有序列表SEQ ID NO.1所示的107个核苷酸序列，以及序列表SEQ ID NO.2所示的105个核苷酸序列，其中SEQ ID NO.1中的核苷酸序列与软刺基因共分离，SEQ ID NO.2中的核苷酸序列与硬刺基因共分离。与现有技术相比，该分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜硬刺/软刺类型的筛选。

【技术实现步骤摘要】
与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记及其应用
本专利技术涉及基因工程
的分子标记，特别涉及一种与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记。
技术介绍
黄瓜(CucumissativusL.)是葫芦科(Cucurbitaceae)甜瓜属(Cucumis)一年蔓生的草本植物，黄瓜作为世界十大重要的蔬菜作物之一，也是我国主栽蔬菜作物之一。果实是黄瓜经济性状最重要的部分，黄瓜果实属于瓠果，由子房和花托共同发育而成。在黄瓜果实上有一个重要的性状是果刺，果刺是黄瓜特化的表皮毛。到目前为止，黄瓜表皮毛基因的研究相对较少。2015年，ZhaoJL等利用mict微毛突变体和野生型杂交获得的7936株F2群体，利用BSA法将Mict基因定位在黄瓜第3号染色体遗传距离为71.13kb的区间内。详细结果请参看：ZhaoJL等在《Journalofintegrativeplantbiology》(植物生理学报)2015年第57卷925-935页发表的题为《Micro-trichomeasaclassIhomeodomain-leucinezippergeneregulatesmulticellulartrichomedevelopmentinCucumissativus.》(微毛基因作为I型亮氨酸同源拉链基因调控黄瓜多细胞表皮毛发育)一文。同年，WangYL等利用tril无毛突变体和野生型杂交获得的1058株F2群体，通过BSA法将控制表皮毛起始发育的Tril基因定位在黄瓜6号染色体UW007183和UW007211标记之间，遗传距离为37.4kb，详细结果请参看：WangYL等在《TheoreticalandAppliedGenetics》(理论应用遗传学)2015年第129卷305-316页发表的题为《IdentificationandmappingofTril,ahomeodomain-leucinezippergeneinvolvedinmulticellulartrichomeinitiationinCucumissativus》一文。Mict基因(micro-trichomes)和Tril基因(trichome-less)分别控制黄瓜微毛性状和无毛性状，由于果刺是表皮毛的特化，因此mict突变体的果刺性状特点是小果刺，tril突变体的果刺性状特点是无果刺。Tril基因隐性上位于Mict基因。CsTTG1基因平行并直接作用于Tril基因，来调控黄瓜表皮毛的形成。因此，黄瓜果实软刺基因Ts的研究将为其他作物及黄瓜的表皮毛发育机制的研究奠定基础。随着人们生活水平的提高，品质育种已提到重要位置。黄瓜果刺性状属于感观品质范畴。欧美温室类型的黄瓜为无果瘤、少刺的果皮，称其为水果黄瓜，其市场价格为普通黄瓜的2-3倍。外观光滑黄瓜污染少，清洗方便，食用卫生，是无公害蔬菜的理想品种。经检测表明：无瘤少刺黄瓜果肉农药残留量比有刺黄瓜低27％，果皮农药残留量低18％。黄瓜软刺柔软不刺激，易脱落，增强了植株的抗逆性，是消费者的更佳选择。基因Ts控制软刺的形成，它的研究将会推动品质育种进程。用与目的性状紧密连锁的分子标记进行标记辅助选择在黄瓜遗传育种中是十分有效的方法，分子标记是在DNA水平上对目标性状进行选择，具有高效、快速、不受环境条件限制等优点，可在苗期进行选择，加快育种的进程。
技术实现思路
本专利技术的目的就是为了克服上述现有技术存在的缺陷而提供一种与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记及其应用。本专利技术利用分子标记和BSA(BulkedSegregantAnalysis)法，提供了与黄瓜软刺基因Ts共分离的分子标记。本专利技术的分子标记可简便、快速、高通量地应用于育种实践。本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现：一种与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记，该分子标记具有序列表SEQIDNO.1所示的107个核苷酸序列，以及序列表SEQIDNO.2所示的105个核苷酸序列，其中SEQIDNO.1中的核苷酸序列与软刺基因共分离，SEQIDNO.2中的核苷酸序列与硬刺基因共分离。该分子标记的特征在于与软刺基因共分离，该分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜硬刺/软刺类型的筛选。所述分子标记由ME5所示的上游引物和EM6所示的下游引物扩增得到，引物由上海华津生物科技有限公司合成。所述引物ME5序列，具体为：ME5：5’-GGTTGAAGGTTGATTGGA-3’，所述引物EM6序列，具体为：EM6：5’-CTCATAACGTCATCCCTAAA-3’。本专利技术利用多种硬刺亲本和软刺亲本杂交获得F1，F1单株均为硬刺；F1再自交获得多种F2分离群体，通过对F2分离群体中硬刺、软刺进行遗传学分析，确定黄瓜软刺性状属于单基因隐性遗传性状。从F2群体中随机各挑取10株硬刺单株和10株软刺单株，并构建硬刺池和软刺池。采用SSR分子标记结合BSA方法，筛选黄瓜软刺连锁分子标记，最终将软刺基因Ts定位在109.7kb区间内。在该109.7kb开发300对InDel标记，结合BSA法进一步筛选连锁标记，最终其中InDel分子标记InDel-Ts2在亲本间表现出多态性，并且与Ts基因共分离。与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记的获得方法，所述分子标记由ME5所示的上游引物和EM6所示的下游引物扩增得到，所述引物ME5序列，具体为：ME5：5’-GGTTGAAGGTTGATTGGA-3’，所述引物EM6序列，具体为：EM6：5’-CTCATAACGTCATCCCTAAA-3’。反应体系为基因组DNA30ng，引物0.5μmol/L，200μmol/LdNTPs，2mmol/LMgCl2，1μl10×PCRreactionsbuffer，0.6UTaqDNA聚合酶，总反应体系为10μl，引物为ME5所示上游引物及EM6所示下游引物。PCR扩增程序为：94℃5min，94℃25s，55℃25s，72℃25s，32个循环，扩增产物用8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，电泳缓冲液为0.5×TBE，160W恒功率，电泳3h。与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的分子标记与黄瓜软刺性状共分离，所有世界各地的黄瓜品种均可以用这个分子标记筛选硬刺/软刺品种(除无刺无瘤黄瓜品种gl)。传统的育种方法是根据植物的形态来进行选择，由于黄瓜软刺性状需要植株结瓜时才能确定，耗费时间较长，本专利技术的分子标记可在植物种子期间或子叶长出的早期阶段就可鉴定，既省时又准确，所以可用于黄瓜分子标记辅助育种，加速黄瓜品质育种的进程。与现有技术相比，本专利技术分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜硬刺/软刺类型的筛选。附图说明图1为分子标记InDel-Ts2的PCR扩增效果图。具体实施方式下面结合具体实施例，进一步阐述本专利技术。这些实施例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等分子克隆：实验室手册(NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress,1989)中所述的条本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel‑Ts2分子标记，其特征在于，该分子标记具有序列表SEQ ID NO.1所示的107个核苷酸序列，以及序列表SEQ ID NO.2所示的105个核苷酸序列，其中SEQ ID NO.1中的核苷酸序列与软刺基因共分离，SEQ ID NO.2中的核苷酸序列与硬刺基因共分离。

【技术特征摘要】
1.一种与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记，其特征在于，该分子标记具有序列表SEQIDNO.1所示的107个核苷酸序列，以及序列表SEQIDNO.2所示的105个核苷酸序列，其中SEQIDNO.1中的核苷酸序列与软刺基因共分离，SEQIDNO.2中的核苷酸序列与硬刺基因共分离。2.根据权利要求1所述的一种与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记，其特征在于，所述分子标记由ME5所示的上游引物和EM6所示的下游引物扩增得到，所述引物ME5序列，具体为：ME5：5’-GGTTGAAGGTTGATTGGA-3’，所述引物EM6序列，具体为：EM6：5’-CTCATAACGTCATCCCTAAA-3’。3.一种与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel-Ts2分子标记的获得方法，其特征在于，所述分子标记由ME5所示的上游引物和EM6所示的下游引物扩增得到，所述引物ME5序列，具体为：ME5：5’-GGTTGAAGGTTGATTGGA-3’，所述引物EM6序列，具体为：EM6：5’-CTCATAACGTCATCCCTAAA...

【专利技术属性】
技术研发人员：潘俊松，王刚，蔡润，朱文莹，肖婷婷，孙敬贤，郭春立，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：上海,31