通过分析预示性基因集诊断亚临床和临床的急性排异的方法技术

技术编号:15340918 阅读:66 留言:0更新日期:2017-05-16 23:43
本文公开的是通过分析预示性基因集来诊断异体移植物的急性细胞排异(ACR)的方法,以及用于实践这些方法的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过分析预示性基因集诊断亚临床和临床的急性排异的方法相关申请的交叉引用本申请要求2014年6月26日提交的美国申请No.62/017,784的权益,通过引用将其全部合并在本文中。政府拨款条款本专利技术是在美国国立卫生研究院授予的款项no.1U01AI070107-01的政府支持下做出的。在本专利技术中政府拥有某些权利。
本专利技术涉及通过分析预示性基因集(predictivegeneset)来诊断异体移植物(allograft)的急性细胞排异(acutecellularrejection,ACR)的方法,以及用于实践这些方法的试剂盒。所述方法包括通过测定含有至少7个预选基因的基因标记集(genesignatureset)的表达水平来分析肾脏异体移植物受者的血液,以鉴定和治疗这样的患者。与对照中的相同基因相比,在异体移植物受者的血液中一种或更多种基因的改变的表达水平表明该患者有异体移植物排异风险。改变的水平越大,排异风险越高。逻辑回归拟合模型可以应用于标准化了的表达值(例如,来自下一代测序技术的基因的读取结果计数)来得出统计模型,从所述统计模型中可以对每个患者计算急性细胞排异风险概率评分(probabilityscore)。
技术介绍
肾脏异体移植物排异的现有测试是繁琐和昂贵的。这样的测试通常需要从患者获得活检样本。经常在认识到排异时已经太晚而不能做任何事。血清肌酸酐的提高或尿液中蛋白质的提高可能是排异的警告,但不完全是预示性的。本领域中需要一种改进的分析,其易于进行,消除了活检的需求,对于肾脏异体移植物排异或纤维化的风险是更为预示性的。当前的表达谱(expressionprofile)测试解决了这一需求,并提供了一种容易对移植患者(transplantpatient)重复实施的基于血液的分析。在移植之后肾脏移植患者由他们的医师非常频繁地检查,大多数情况下第一个月每周两次,到每周一次,然后每隔一周一次,在4到5个月后每月一次,此后就诊的时间间隔逐步提高。在这期间,监视患者的肾脏功能和免疫抑制水平。如果移植后的过程没有并发症并且患者没有高免疫学风险,到手术后3个月,类固醇逐渐减少到5mg,到6-12个月,他克莫司(tacrolimus,一种抑制免疫系统的药物,被用于预防移植器官的排异)水平逐渐降低到稳定水平。可以采用下文描述的基因表达谱作为标准测试来在临床就诊时进行。阳性测试结果(即,相比对照,患者以改变的水平表达这些基因)表明患者有排异移植器官的风险,将通过提高免疫抑制药物的剂量和通过中止免疫抑制药物的惯常的渐减来治疗。重复测试(其可以经济地进行,因为所述分析优选地是基于血液的测试)将指导免疫抑制渐减的重新开始。因而,例如如果2次随后的测试是阴性的,泼尼松(prednisone)剂量可以降低2.5或5mg,或者他克莫司的目标水平可以降低0.5mg/dl。如果在肌酸酐升高的情况下谱测试是阳性的,这将表明临床急性排异,以肾脏损伤作为证据。在这种情况下,取决于个体的总体免疫学风险,患者将用高剂量的类固醇或抗淋巴细胞剂来治疗。
技术实现思路
一方面,提供了鉴定有异体移植物排异或失功风险的肾脏异体移植物受者的方法,通过从肾脏异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中预选的基因标记集的表达水平,比较所述样本中所述预选的基因标记集的表达水平与对照中所述预选的基因标记集的表达水平,如果相比所述对照中的表达水平,所述样本中所述基因标记集的表达水平改变,确定所述异体移植物受者有排异异体移植物的提高风险。另一方面,提供了鉴定有异体移植物排异或失功风险的肾脏异体移植物受者的方法,通过从肾脏异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中预选的基因标记集的表达水平,比较所述样本中所述预选的基因标记集的表达水平与对照中所述预选的基因标记集的表达水平,如果相比所述对照中所述基因标记集中的一种或更多种基因的表达水平,所述样本中所述基因标记集中的一种或更多种基因的表达水平改变,确定所述异体移植物受者有排异异体移植物的提高风险。另一方面,提供了治疗有异体移植物排异或失功风险的肾脏异体移植物受者的方法,通过从肾脏异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中预选的基因标记集的表达水平,比较所述样本中所述预选的基因标记集的表达水平与对照样品中所述预选的基因标记集的表达水平,如果相比所述对照中所述预选的基因标记集的表达水平,所述样本中所述基因标记集的表达水平改变,确定所述异体移植物受者有排异异体移植物的提高风险,以及治疗被确定有排异风险的受者。另一方面,提供了治疗有异体移植物排异或失功风险的肾脏异体移植物受者的方法,通过从肾脏异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中预选的基因标记集的表达水平,比较所述样本中所述预选的基因标记集的表达水平与对照样品中所述预选的基因标记集的表达水平,如果相比所述对照中所述基因标记集中的一种或更多种基因的表达水平,所述样本中所述基因标记集中的一种或更多种基因的表达水平改变,确定所述异体移植物受者有排异异体移植物的提高风险,以及治疗被确定有排异风险的受者。在另一个实施方式中,提供了治疗肾脏异体移植物受者的方法,通过从所述异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中选定的基因集的表达水平,比较所述样本中所述基因集的表达水平与对照患者的表达水平,如果相比所述对照中所述基因集的表达水平,所述样本中所述基因集的表达水平改变,确定所述受者有排异异体移植物的风险,以及治疗被确定有排异风险的受者。在另一个实施方式中,提供了治疗肾脏异体移植物受者的方法,通过从所述异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中选定的基因集的表达水平,比较所述样本中所述基因集的表达水平与对照的表达水平,如果相比所述对照中所述基因标记集的一个或多个成员的表达水平,所述样本中所述基因集的一个或多个成员的表达水平改变,确定所述受者有排异异体移植物的风险,以及治疗被确定有排异风险的受者。另一个实施方式提供了治疗肾脏异体移植物受者的方法,通过从所述异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中选定的基因集的表达水平,比较所述样本中所述基因集的表达水平与对照的表达水平,如果相对于所述对照中所述基因集的表达水平,所述样本中所述基因集的表达水平改变,确定所述患者有排异异体移植物的风险,以及通过向所述受者施用免疫抑制药物或通过施用高剂量类固醇或抗淋巴细胞剂来治疗被确定有排异风险的受者。另一个实施方式提供了治疗肾脏异体移植物受者的方法,通过从所述异体移植物受者获得生物样本,测量所述样本中选定的基因集的表达水平,比较所述样本中所述基因集的表达水平与对照中所述基因集的表达水平,如果相对于所述对照中所述基因集的一个或多个成员的表达水平,所述样本中所述基因集的一个或更多个基因的表达水平改变,确定所述患者有排异异体移植物的风险,以及通过向所述受者施用免疫抑制药物或通过施用高剂量类固醇或抗淋巴细胞剂来治疗被确定有排异风险的受者。另一个方面,提供了用于确定异体移植物受者是否有ACR风险的试剂盒。所述试剂盒包含用于预选的基因标记集的分析、用于预选的基因标记集的引物、缓冲液、阳性和阴性对照以及使用说明书。一方面,提供了测序面板,其包含来自基因SPCS3、ZMAT1、ETAA1、ZNF493、CCDC82、NFY本文档来自技高网
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【技术保护点】
一种鉴定处于异体移植物排异风险的肾脏异体移植物受者的方法,其包括以下步骤:(a)提供来自所述肾脏异体移植物受者的血液样本;(b)测定所述受者的血液中预选基因集的表达水平;(c)比较预选基因的表达水平和对照中预选基因的表达水平,以及(d)如果所述样本中所述基因集中一个或更多个基因的表达水平相比所述对照中相同的一个或更多个基因集基因的表达水平改变,确定所述受者处于异体移植物排异风险。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.06.26 US 62/017,7841.一种鉴定处于异体移植物排异风险的肾脏异体移植物受者的方法,其包括以下步骤:(a)提供来自所述肾脏异体移植物受者的血液样本;(b)测定所述受者的血液中预选基因集的表达水平;(c)比较预选基因的表达水平和对照中预选基因的表达水平,以及(d)如果所述样本中所述基因集中一个或更多个基因的表达水平相比所述对照中相同的一个或更多个基因集基因的表达水平改变,确定所述受者处于异体移植物排异风险。2.根据权利要求1所述的方法,其中所述改变包括所述样本中一个或更多个所述基因集基因的表达水平相比所述对照中相同的一个或更多个基因集基因的提高和/或降低。3.根据权利要求1所述的方法,其中所述预选基因集包含选自以下组成的组的至少7个基因:SPCS3、ZMAT1、ETAA1、ZNF493、CCDC82、NFYB、F13A1、TUBB1、TSC22D1、SENP6、ANXA5、EFTUD2、SENP7、AP1M1、CLK1、MAP1A和C1GALT1C1。4.根据权利要求1所述的方法,其中确定步骤包括将患者的样品中测定的表达水平应用于惩罚逻辑回归拟合模型(log(p(x))/(1-p(x))=β*0+β*1g1+β*igi+....+β*9g9来确定异体移植物排异的概率,其中p(x)是排异概率,β*i是惩罚系数,gi是基因i的读取结果计数。5.一种治疗处于异体移植物排异风险的肾脏异体移植物受者的方法,其包括以下步骤:(a)获得来自所述肾脏异体移植物受者的血液样本;(b)从所述血液样本分离mRNA;(c)从所述miRNA合成cDNA;(d)测定所述受者的血液中标记基因集的表达水平;(e)如果所述异体移植物受者的血液样本中基因标记集中一个或更多个基因的表达水平相比对照血液样本中相同的一个或更多个基因的表达水平改变,将所述异体移植物受者诊断为处于异体移植物排异和异体移植物失功的高风险,以及治疗被鉴定为处于高风险的所述受者来预防异体移植物排异或异体移植物失功。6.根据权利要求5所述的方法,其包括向被诊断为处于ACR或移植物失功的高风险的受者施用抗排异药物或高剂量类固醇。7.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因ANXA5、TSC22D1、AP1M1、CLK1、EFTUD2、SENP6和SENP7。8.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因TSC22D1、ANKA5、EFTUD2、AP1M1、MAP1A、C1GALT1C1、SENP6、CLK1和SENP7。9.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因CCDC82、F13A1、TUBB1、TSC22D1、SENP6、ANXA5、EFTUD2、SENP7、AP1M1、CLK1和C1GALT1C1。10.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因SPCS3、ZMAT1、ETAA1、ZNF493、CCDC82、NFYB、F13A1、TUBB1、TSC22D1、SENP6、ANXA5、EFTUD2、SENP7、AP1M1、CLK1、MAP1A和C1GALT1C1。11.根据权利要求5所述的方法,...

【专利技术属性】
技术研发人员:B·墨菲张维嘉
申请(专利权)人:西奈山伊坎医学院
类型:发明
国别省市:美国,US

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