【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过分析预示性基因集诊断亚临床和临床的急性排异的方法相关申请的交叉引用本申请要求2014年6月26日提交的美国申请No.62/017,784的权益,通过引用将其全部合并在本文中。政府拨款条款本专利技术是在美国国立卫生研究院授予的款项no.1U01AI070107-01的政府支持下做出的。在本专利技术中政府拥有某些权利。
本专利技术涉及通过分析预示性基因集(predictivegeneset)来诊断异体移植物(allograft)的急性细胞排异(acutecellularrejection,ACR)的方法,以及用于实践这些方法的试剂盒。所述方法包括通过测定含有至少7个预选基因的基因标记集(genesignatureset)的表达水平来分析肾脏异体移植物受者的血液,以鉴定和治疗这样的患者。与对照中的相同基因相比,在异体移植物受者的血液中一种或更多种基因的改变的表达水平表明该患者有异体移植物排异风险。改变的水平越大,排异风险越高。逻辑回归拟合模型可以应用于标准化了的表达值(例如,来自下一代测序技术的基因的读取结果计数)来得出统计模型,从所述统计模型中可以对每个患者计算急性细胞排异风险概率评分(probabilityscore)。
技术介绍
肾脏异体移植物排异的现有测试是繁琐和昂贵的。这样的测试通常需要从患者获得活检样本。经常在认识到排异时已经太晚而不能做任何事。血清肌酸酐的提高或尿液中蛋白质的提高可能是排异的警告,但不完全是预示性的。本领域中需要一种改进的分析,其易于进行,消除了活检的需求,对于肾脏异体移植物排异或纤维化的风险是更为预示性的。当前的表达谱(exp ...
【技术保护点】
一种鉴定处于异体移植物排异风险的肾脏异体移植物受者的方法,其包括以下步骤:(a)提供来自所述肾脏异体移植物受者的血液样本;(b)测定所述受者的血液中预选基因集的表达水平;(c)比较预选基因的表达水平和对照中预选基因的表达水平,以及(d)如果所述样本中所述基因集中一个或更多个基因的表达水平相比所述对照中相同的一个或更多个基因集基因的表达水平改变,确定所述受者处于异体移植物排异风险。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.06.26 US 62/017,7841.一种鉴定处于异体移植物排异风险的肾脏异体移植物受者的方法,其包括以下步骤:(a)提供来自所述肾脏异体移植物受者的血液样本;(b)测定所述受者的血液中预选基因集的表达水平;(c)比较预选基因的表达水平和对照中预选基因的表达水平,以及(d)如果所述样本中所述基因集中一个或更多个基因的表达水平相比所述对照中相同的一个或更多个基因集基因的表达水平改变,确定所述受者处于异体移植物排异风险。2.根据权利要求1所述的方法,其中所述改变包括所述样本中一个或更多个所述基因集基因的表达水平相比所述对照中相同的一个或更多个基因集基因的提高和/或降低。3.根据权利要求1所述的方法,其中所述预选基因集包含选自以下组成的组的至少7个基因:SPCS3、ZMAT1、ETAA1、ZNF493、CCDC82、NFYB、F13A1、TUBB1、TSC22D1、SENP6、ANXA5、EFTUD2、SENP7、AP1M1、CLK1、MAP1A和C1GALT1C1。4.根据权利要求1所述的方法,其中确定步骤包括将患者的样品中测定的表达水平应用于惩罚逻辑回归拟合模型(log(p(x))/(1-p(x))=β*0+β*1g1+β*igi+....+β*9g9来确定异体移植物排异的概率,其中p(x)是排异概率,β*i是惩罚系数,gi是基因i的读取结果计数。5.一种治疗处于异体移植物排异风险的肾脏异体移植物受者的方法,其包括以下步骤:(a)获得来自所述肾脏异体移植物受者的血液样本;(b)从所述血液样本分离mRNA;(c)从所述miRNA合成cDNA;(d)测定所述受者的血液中标记基因集的表达水平;(e)如果所述异体移植物受者的血液样本中基因标记集中一个或更多个基因的表达水平相比对照血液样本中相同的一个或更多个基因的表达水平改变,将所述异体移植物受者诊断为处于异体移植物排异和异体移植物失功的高风险,以及治疗被鉴定为处于高风险的所述受者来预防异体移植物排异或异体移植物失功。6.根据权利要求5所述的方法,其包括向被诊断为处于ACR或移植物失功的高风险的受者施用抗排异药物或高剂量类固醇。7.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因ANXA5、TSC22D1、AP1M1、CLK1、EFTUD2、SENP6和SENP7。8.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因TSC22D1、ANKA5、EFTUD2、AP1M1、MAP1A、C1GALT1C1、SENP6、CLK1和SENP7。9.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因CCDC82、F13A1、TUBB1、TSC22D1、SENP6、ANXA5、EFTUD2、SENP7、AP1M1、CLK1和C1GALT1C1。10.根据权利要求2所述的方法,其中所述基因标记集至少包含基因SPCS3、ZMAT1、ETAA1、ZNF493、CCDC82、NFYB、F13A1、TUBB1、TSC22D1、SENP6、ANXA5、EFTUD2、SENP7、AP1M1、CLK1、MAP1A和C1GALT1C1。11.根据权利要求5所述的方法,...
【专利技术属性】
技术研发人员:B·墨菲,张维嘉,
申请(专利权)人:西奈山伊坎医学院,
类型:发明
国别省市:美国,US
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