本发明专利技术公开了肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性及其检测方法和应用，属于分子遗传学检测领域，基因单核苷酸多态性检测过程包括：以包含OTXR基因的待测肉鸭全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增肉鸭OTXR基因；用限制性内切酶PstI消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据电泳结果鉴定肉鸭OTXR基因外显子2第946位的核苷酸碱基多态性。本发明专利技术在DNA水平上筛查和检测与肉鸭经济性状密切相关的分子遗传标记，为肉鸭快速选育提供了分子依据。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子遗传学领域，涉及以肉鸭的功能基因的单核苷酸多态性(SNP)作为分子遗传标记，特别涉及肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性及其检测方法和应用。
技术介绍
单核苷酸多态性(SNP)就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。因此，通常所说的SNP包括碱基的替换、插入、缺失以及重复序列拷贝数的变化。一个SNP表示在基因组某个位点上有一个核苷酸的变化，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起；具有转换型变异的SNP约占2/3，其他几种SNP在相似的水平上。CpG二核苷酸的胞嘧啶是基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNP，根据它们在基因组中分布的位置可分为基因编码区SNP(cSNP)、基因周边SNP(pSNP)和基因间SNP(iSNP)等三类。总的说来，cSNP比较少，因为在外显子内的变异率仅占周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。根据对遗传性状的影响，cSNP又可分为两种：一种是同义cSNP，即SNP所致编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质中氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的“含义”相同；另一种是非同义cSNP，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变，从而产生蛋白质序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。因此，对编码区SNP的非同义突变来说，它们可能对基因功能有直接的重要影响。不仅如此，在群体遗传研究中，这些SNP作为遗传标记在群体遗传和生物进化的研究中也具有重要意义。由于SNP是二等位基因分子标记，所以，理论上在一个二倍体生物群体中，SNP可能是由2个、3个或4个等位基因构成，但实际上3个或4个等位基因的SNP很罕见，故SNP通常被简单地称为二等位基因分子标记。目前，主要采用几种不同的路线来发现SNP：即DNA序列测定方法、PCR-SSCP与DNA测序结合法、AS-PCR方法、引物延伸法和寡核苷酸连接反应等。在这些SNP检测技术中，DNA序列测定法是最为准确的SNP检测方法，但是，其检测费用极其昂贵，且需要有DNA测序仪等大型仪器，同时，在测序过程中需要非常熟练的技术人员和经验，所以，DNA序列测定法不是一种应用于生产实际的理想SNP检测方法；当然，利用PCR-SSCP与DNA测序结合法检测SNP可以适当降低检测费用，但是，PCR-SSCP的实验过程比较长，操作比较繁琐，且实验过程中存在假阳性问题，所以，也并非理想的SNP检测手段；AS-PCR方法作为一种新型的SNP检测方法，在未来的应用领域中具有非常广阔的前景，但是，该方法需要设计特别的引物，且只能针对特定的基因位点，同时，检测过程中还存在误检的概率，因此，目前不具有普遍应用的特点；而引物延伸法和寡核苷酸连接反应技术检测SNP位点，需要平板读数仪、基因芯片、微球阵列技术和质谱仪等检测平台，对于一般的分子实验室来说可实施性不强。PCR-RFLP方法是一种检测SNP的有效技术，在发现SNP位点后使用限制性内切酶进行切割，然后进行琼脂糖或聚丙烯凝胶电泳分析，就能准确地鉴别SNP位点。PCR-RFLP方法不仅具有DNA测序法的准确性，又克服了其费用昂贵、操作繁琐、假阳性率高的缺点，而且所检测的序列位点无特殊性要求。OXTR(Oxytocinreceptor)是一种由389个氨基酸组成的G蛋白偶联受体，由7个跨膜区域组成，通过与G蛋白偶联，诱发细胞内外钙离子和甘油二酯浓度的变化，影响神经元细胞的兴奋性及其他生物学效应。已有的研究表明OXTR与能量代谢(食物摄入和能量消耗)相关。Takayanagi等发现催产素受体缺失的雄性小鼠(OXTR-/-)表现出迟发性肥胖(late-onsetobesity)，比如腹部脂肪增加和空腹甘油三酯的增加都比较慢。OXTR-/-小鼠与野生型小鼠相比，每日食物摄入量和自发性运动没有显著差别。相反，OXTR-/-小鼠的棕色脂肪组织中含有大量的脂滴，导致产热受损。这项研究表明，OXTR在调节能量平衡中起着重要作用。因此，研究家禽OTXR基因遗传变异和分子遗传特征具有重要理论和实践意义。国内外关于OTXR基因遗传变异的研究多见于人、鼠等动物，而未见肉鸭OTXR基因遗传变异或SNP研究的报道。由于目前肉鸭OTXR基因遗传变异领域的研究匮乏，使该基因位点的功能研究及该基因遗传变异与经济性状关联的研究成为空白。
技术实现思路
本专利技术解决的问题在于提供肉鸭OTXR基因单核苷酸多态性检测方法及其应用，寻找与肉鸭经济性状相关的SNP作为分子标记，加快肉鸭良种繁育速度。本专利技术的目的在于提供肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性，该基因单核苷酸多态性包括：肉鸭OTXR基因外显子2第946位为T或C的单核苷酸多态性。本专利技术的另一目的在于提供肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性的检测方法，以包含OTXR基因的待测肉鸭全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增肉鸭OTXR基因；用限制性内切酶PstI消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据电泳结果鉴定肉鸭OTXR基因外显子2第946位的单核苷酸多态性；所述的引物对P为：上游引物P1：5′-GCTTCACGCAGCCTGCAG-3′下游引物P2：5′-TGGCTCCTGCCCCGGTTA-3′。所述的PCR扩增反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，54.6℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min。所述的琼脂糖凝胶为质量浓度为2.5％的琼脂糖。所述的根据琼脂糖凝胶电泳结果，OTXR基因外显子2第946位的碱基多态性为：TT型为1个片段：179bp；CC型为2个片段：17bp和196bp；CT型为3个片段：17bp、179bp和196bp。由于片段17bp太小，在琼脂糖凝胶不能观察到，所以在琼脂糖凝胶上，TT基因型可以观察到1条带(179bp)；CC基因型可以观察到1条带(196bp)，CT基因型可以观察到2条带(179bp和196bp)。本专利技术的又一个目的在于提供肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性的检测方法在优化肉鸭个体育种繁殖中的应用。与现有技术相比，本专利技术具有以下有益的技术效果：本专利技术公开了与肉鸭生长发育相关的功能基因OTXR的核苷酸多态性，该核苷酸多态性能够作为一个分子遗传标记，利用标记位点信息和数量性状的表型信息，更准确估计肉鸭个体的育种值，提高选择效率，加快育种进展。...
【技术保护点】
肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性，其特征在于，该基因单核苷酸多态性包括：肉鸭OTXR基因外显子2第946位为T或C的单核苷酸多态性。
【技术特征摘要】
1.肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性，其特征在于，该基因单核苷酸多态性包括：肉鸭
OTXR基因外显子2第946位为T或C的单核苷酸多态性。
2.肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：以包含
OTXR基因的待测肉鸭全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增肉鸭OTXR基因；用限
制性内切酶PstI消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据
电泳结果鉴定肉鸭OTXR基因外显子2第946位的单核苷酸多态性；
所述的引物对P为：
上游引物P1：5′-GCTTCACGCAGCCTGCAG-3′
下游引物P2：5′-TGGCTCCTGCCCCGGTTA-3′。
3.如权利要求2所述的肉鸭OTXR基因的单核苷酸多态性的检...
【专利技术属性】
技术研发人员：房兴堂，张春雷，张海燕，薛伟，
申请(专利权)人：江苏师范大学，
类型：发明
国别省市：江苏;32
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