一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法技术

本发明专利技术提供一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法，包括：获取蛋白质的长度、蛋白质结构图中的蛋白质功能元件数据，并保存，判断功能元件文件数据是否为空，若否，则读取功能元件文件数据；根据两个相邻的功能元件的位置的差与两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断相邻功能元件的名称是否重叠，若是，则根据功能元件文件中功能元件位置，功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置，若否，则功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置；根据功能元件文件中的功能元件位置、功能元件名称的横坐标最终位置确定标注线的位置。本发明专利技术使得绘制蛋白质二维结构图快速精确。

【技术实现步骤摘要】

本方法实施例涉及蛋白质结构图布线
，尤其涉及一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法。
技术介绍
生物信息
，分子和细胞生物学领域的科学文章，都会经常出现一些蛋白质结构域的示意图，生物学实验人员可以使用微软公司的PowerPoint图表，Photoshop图像处理软件或者其他图形软件来画蛋白质的结构域。国际上已有名为DOG和plotprotein的绘图软件用来绘制蛋白质结构域图。然而，使用PowerPoint图表，Photoshop图像处理软件的缺点是蛋白质结构域的位置往往是由眼睛粗略决定的。因此，我们几乎是不能使用蛋白质结构域的精确比例绘制蛋白质结构图。使用DOG和plotprotein的绘图软件的不足之处是蛋白质二维结构图中一些特定图案的距离过密甚至重叠时只能被粗略地标记，而且需要手动添加。各功能原件信息不能够准确快速的显示出标记的位置。
技术实现思路
本专利技术提供一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法，以解决上述技术问题。本专利技术是一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法，包括：获取蛋白质的长度、蛋白质结构图中的蛋白质功能元件数据，所述蛋白质的功能元件包括结构域、功能位点、突变点，并将所述蛋白质长度、所述蛋白质功能元件分别保存至蛋白质长度文本文件、功能元件文本文件中，所述蛋白质长度文件包括：蛋白质起始位置和蛋白质结束位置、蛋白质主体高度，所述功能元件文本文件包括：功能元件位置、功能元件名称；判断所述功能元件文件数据是否为空，若是，则不需画出功能元件，若否，则读取所述功能元件文件数据；根据两个相邻的功能元件的位置的差与所述两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断所述相邻功能元件的名称是否重叠，若是，则根据所述功能元件文件中功能元件位置，功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置，若否，则所述功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置；根据所述功能元件文件中的功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置以及所述蛋白质长度文件确定标注线的位置和所述功能元件名称的位置，所述标注线为功能元件和所述功能元件名称之间的引线。进一步地，所述则根据两个相邻的功能元件的位置的差与所述两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断所述相邻功能元件的名称是否重叠，若是，则根据所述功能元件文件中功能元件位置，功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置，若否，则所述功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置，包括：根据蛋白质的长度计算出相邻两个功能元件名称之间相对距离的最小差；计算当前功能元件名称的位置和上一个功能元件名称的位置之间的差值；判断所述差值是否小于所述最小差，若否，则相邻两个功能元件名称不重叠，所述当前功能元件的名称位置不变，即确定当前功能元件名称的横坐标最终位置为功能元件文件中功能元件位置；若是，则相邻两个功能元件名称重叠，确定当前功能元件名称的横坐标最终位置为前一个功能元件名称横坐标最终位置与最小差之和。进一步地，所述根据所述功能元件文件中的功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置以及所述蛋白质长度文件确定标注线的位置和所述功能元件名称的位置，包括：判断功能元件文件中功能元件位置与所述功能元件名称的横坐标最终位置是否一致，若是，则确定标注线为一条直线段，若否，则确定标注线为折线段，所述折线段标注线包括三条线段，距离蛋白质从近到远依次为第一线段、第二线段以及第三线段；根据功能元件文件中功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置、蛋白质主体高度以及标注线的各线段长度确定所述直线段和所述折线段标注线中各线段的端点坐标和所述功能元件名称的位置坐标。进一步地，所述根据功能元件文件中功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置、蛋白质主体高度以及标注线的各线段长度确定所述直线段和所述折线段标注线中各线段的端点坐标和所述功能元件名称的位置坐标，包括：所述直线段的下端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是蛋白质主体高度，上端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是蛋白质主体高度与标注线总高度之和；所述第一线段的下端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是蛋白质主体高度，上端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是蛋白质主体高度与第一线段高度的和；所述第二线段的下端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是蛋白质主体高度与第一线段高度的和，上端点横坐标为功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是蛋白质主体高度与标注线总高度的和减去第三线段高度，所述第三线段的下端点横坐标为功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是蛋白质主体高度与标注线总高度的和减去第三线段高度，上端点横坐标为功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是标注线总高度；功能元件名称的位置的横坐标是功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是蛋白质主体高度、标注线总高度与1之和。进一步地，所述根据功能元件文件中功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置、蛋白质主体高度以及标注线的各线段长度确定所述直线段和所述折线段标注线中各线段的端点坐标和所述功能元件名称的位置坐标，包括：所述直线段的上端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是零，下端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是标注线总高度的负值；所述第一线段的上端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是零，下端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是第一线段高度的负值；所述第二线段的上端点横坐标为功能元件文件中功能元件位置，纵坐标是第一线段高度的负值，下端点横坐标为功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是第三线段与标注线总高度的差，所述第三线段的上端点横坐标为功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是第三线段与标注线总高度的差，下端点横坐标为功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是标注线总高度的负值。功能元件名称的位置的横坐标是功能元件名称的横坐标最终位置，纵坐标是标注线总高度与1之和的负值。本专利技术方法适用于蛋白质二维结构图中一些特定功能元件，例如结构域，功能位点，突变点等，给每个功能元件都添加了标注线，并且可以一次完成所有功能元件的自动布线和绘制，实现了蛋白质二维结构图中特定功能图案的自动布线的功能，使得画蛋白质结构图快速精确。该方法可以推广到绘制其它生物序列图形，例如基因序列等。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动性的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本专利技术一种蛋白质二维结构图的自动布线方法流程图；图2为本专利技术功能元件名称横坐标位置关系示意图；图3为本专利技术标注线示意图；图4为本专利技术确定功能元件名称横坐标最终位置程序流程图；图5为本专利技术的自动布线方法绘制的蛋白质结构域示意图；图6为本专利技术标注线另一示意图。具体实施方式为使本专利技术实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法，其特征在于，包括：获取蛋白质的长度、蛋白质结构图中的蛋白质功能元件数据，所述蛋白质的功能元件包括结构域、功能位点、突变点，并将所述蛋白质长度、所述蛋白质功能元件分别保存至蛋白质长度文本文件、功能元件文本文件中，所述蛋白质长度文件包括：蛋白质起始位置和蛋白质结束位置、蛋白质主体高度，所述功能元件文本文件包括：功能元件位置、功能元件名称；判断所述功能元件文件数据是否为空，若是，则不需画出功能元件，若否，则读取所述功能元件文件数据；根据两个相邻的功能元件的位置的差与所述两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断所述相邻功能元件的名称是否重叠，若是，则根据所述功能元件文件中功能元件位置，功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置，若否，则所述功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置；根据所述功能元件文件中的功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置以及所述蛋白质长度文件确定标注线的位置和所述功能元件名称的位置，所述标注线为功能元件和所述功能元件名称之间的引线。

【技术特征摘要】
1.一种蛋白质二维结构图功能元件的自动布线方法，其特征在于，包括：获取蛋白质的长度、蛋白质结构图中的蛋白质功能元件数据，所述蛋白质的功能元件包括结构域、功能位点、突变点，并将所述蛋白质长度、所述蛋白质功能元件分别保存至蛋白质长度文本文件、功能元件文本文件中，所述蛋白质长度文件包括：蛋白质起始位置和蛋白质结束位置、蛋白质主体高度，所述功能元件文本文件包括：功能元件位置、功能元件名称；判断所述功能元件文件数据是否为空，若是，则不需画出功能元件，若否，则读取所述功能元件文件数据；根据两个相邻的功能元件的位置的差与所述两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断所述相邻功能元件的名称是否重叠，若是，则根据所述功能元件文件中功能元件位置，功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置，若否，则所述功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置；根据所述功能元件文件中的功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置以及所述蛋白质长度文件确定标注线的位置和所述功能元件名称的位置，所述标注线为功能元件和所述功能元件名称之间的引线。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述则根据两个相邻的功能元件的位置的差与所述两个功能元件名称之间相对距离的最小差判断所述相邻功能元件的名称是否重叠，若是，则根据所述功能元件文件中功能元件位置，功能元件名称之间相对距离的最小差重新确定功能元件名称的横坐标最终位置，若否，则所述功能元件文本文件中的功能元件位置即是功能元件名称的横坐标最终位置，包括：根据蛋白质的长度计算出相邻两个功能元件名称之间相对距离的最小差；计算当前功能元件名称的位置和上一个功能元件名称的位置之间的差值；判断所述差值是否小于所述最小差，若否，则相邻两个功能元件名称不重叠，所述当前功能元件的名称横坐标位置不变，即确定当前功能元件名称横坐标最终位置为功能元件文件中功能元件位置；若是，则相邻两个功能元件名称重叠，确定当前功能元件名称的横坐标最终位置为前一个功能元件名称横坐标最终位置与最小差之和。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述根据所述功能元件文件中的功能元件位置、所述功能元件名称的横坐标最终位置以及所述蛋白质长度文件确定标注线的位置和所述功能元件名称的位置，包括：判断功能元件文件中功能元件位置与所述功能元件名称的横坐标最终位置是否一致，若是，则确定标注线为一条直线段，若否，则确定标注线为折线段，所述折线段标注线包括三条线段，距离蛋白质从近到远依次为第一线段、第二线段以及第三线段；根据功...

【专利技术属性】
技术研发人员：马宝山，张晓宇，耿尧，黄金艳，万亭君，刘珂阳，赵倩，徐丹，王巍，孙野青，
申请(专利权)人：大连海事大学，
类型：发明
国别省市：辽宁;21