【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】相关申请的交叉引用根据35U.S.C.§119(e)，本申请要求2013年8月14日提交的美国临时申请号61/865,755的优先权，以引用的方式将其内容整体并入本文。序列表本申请包含序列表，所述序列表已经以ASCII格式电子提交，并在此以引用的方式将其整体并入。所述ASCII副本创建于2014年7月31日，命名为046264-077471-PCT_SL.txt，大小为97,800字节。
本文所述的技术涉及使得能够对cMET的改变(例如拷贝数和表达水平的变异和/或突变(包括点突变)的存在)进行检测的测定法和方法。
技术介绍
个性化医疗的发展使得鉴别了当被扰动或改变时可引起疾病的基因。然而，疾病相关的基因能够以多种方式改变，例如，在与野生型或健康受试者相比时，在患有给定疾病或具有发展为给定疾病风险的受试者中，基因的基因组拷贝数(拷贝数变异；“CNV”)能够改变、编码基因的序列能够改变和/或基因的表达水平能够改变。例如，cMET与癌症相关，任何给定的癌细胞均可展示出此类cMET改变中的一种或多种。cMET表达产物HGFR(肝细胞生长因子受体)的活化促进细胞增殖、细胞存活、侵入、细胞运动性、转移和血管生成。HGFR的活化可由生长因子浓度失衡、基因扩增和/或突变导致的过表达引起。在实体瘤(例如肾癌、胃癌和肝细胞癌的肿瘤)、腺癌以及鳞状、大细胞和小细胞癌中已经发现cMET的这些改变。通常使用不同的方法对这些改...
【技术保护点】
一种用于对cMET的改变进行检测的测定法，所述测定法包括：将核酸样本的部分与两个引物组相接触，其中，第一引物组检测cMET基因拷贝数变异的改变，第二引物组检测cMET基因表达水平的变化；其中，所述第一引物组包含对cMET的至少一种gDNA特异性序列和至少两个参照基因各自的至少一种gDNA特异性序列进行扩增的引物对亚组，其中，一个参照基因位于7号染色体，一个参照基因不位于7号染色体，从而对cMET基因拷贝数变异进行检测；其中，所述第二引物组包含对cMET的mRNA特异性序列和至少两个参照基因的mRNA特异性序列进行扩增的引物对亚组；对包含所述样本的所述部分和所述两个引物组的反应混合物实施PCR扩增方案，所述扩增方案包括链分离、引物退火和引物延伸的循环；检测各引物对的扩增子水平；针对参照基因扩增子将cMET扩增子水平归一化；以及将归一化的cMET扩增子水平与参照水平进行比较，其中，与所述参照水平相比gDNA特异性cMET扩增子水平更高表明所述样本中存在cMET基因扩增的改变，与所述参照水平相比mRNA特异性cMET扩增子水平改变表明所述样本中存在cMET基因表达水平的改变。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.08.14 US 61/865,7551.一种用于对cMET的改变进行检测的测定法，所述测定法包括：
将核酸样本的部分与两个引物组相接触，其中，第一引物组检测cMET基因拷贝数变异
的改变，第二引物组检测cMET基因表达水平的变化；
其中，所述第一引物组包含对cMET的至少一种gDNA特异性序列和至少两个参照基因各
自的至少一种gDNA特异性序列进行扩增的引物对亚组，其中，一个参照基因位于7号染色
体，一个参照基因不位于7号染色体，从而对cMET基因拷贝数变异进行检测；
其中，所述第二引物组包含对cMET的mRNA特异性序列和至少两个参照基因的mRNA特异
性序列进行扩增的引物对亚组；
对包含所述样本的所述部分和所述两个引物组的反应混合物实施PCR扩增方案，所述
扩增方案包括链分离、引物退火和引物延伸的循环；
检测各引物对的扩增子水平；
针对参照基因扩增子将cMET扩增子水平归一化；以及
将归一化的cMET扩增子水平与参照水平进行比较，其中，与所述参照水平相比gDNA特
异性cMET扩增子水平更高表明所述样本中存在cMET基因扩增的改变，与所述参照水平相比
mRNA特异性cMET扩增子水平改变表明所述样本中存在cMET基因表达水平的改变。
2.如权利要求1所述的测定法，其中，所述第一引物组进一步包含对EGFR的至少一种
gDNA特异性序列进行扩增的引物对亚组；以及
所述测定法进一步包括将归一化的EGFR扩增子水平与参照水平进行比较，其中，与所
述参照水平相比gDNA特异性EGFR扩增子水平更高表明所述样本中存在EGFR基因扩增的改
变。
3.如权利要求1或2所述的测定法，其中，所述第一引物组中位于7号染色体的参照基因
是KDELR-2；以及
所述测定法进一步包括将归一化的KDELR-2扩增子水平与参照水平进行比较，其中，与
所述参照水平相比gDNA特异性KDELR-2扩增子水平更高表明所述样本中存在KDELR-2基因
扩增的改变。
4.如权利要求1-3中任一项所述的测定法，其中，存在cMET、EGFR和KDELR-2基因扩增的
改变表明存在7号染色体扩增。
5.如权利要求1-4中任一项所述的测定法，其中，所述第一引物组中不位于7号染色体
的参照基因是SOD1或SPG21。
6.如权利要求5所述的测定法，其中，所述第一引物组包含对SOD1和SPG21各自的至少
一种gDNA特异性序列进行扩增的引物对亚组。
7.如权利要求1-6中任一项所述的测定法，其中，所述引物组包含对各基因的至少一种
扩增子进行扩增的引物对亚组。
8.如权利要求1-7中任一项所述的测定法，其中，所述引物组包含对各基因的至少两种
扩增子进行扩增的引物对亚组。
9.如权利要求1-8中任一项所述的测定法，其中，所述引物组包含对各基因的至少三种
扩增子进行扩增的引物对亚组。
10.如权利要求1-9中任一项所述的测定法，其中，所述引物组包含对cMET、EGFR和
KDELR-2各自的至少两种gDNA特异性扩增子以及对cMET、SOD1和SPG21各自的至少两种mRNA
特异性扩增子进行扩增的引物对亚组。
11.如权利要求1-10中任一项所述的测定法，其中，所述引物组包含对cMET、EGFR和
KDELR-2各自的至少三种gDNA特异性扩增子以及对cMET、SOD1和SPG21各自的至少三种mRNA
特异性扩增子进行扩增的引物对亚组。
12.如权利要求1-11中任一项所述的测定法，所述测定法进一步包括：
将所述样本的第二部分与第三引物组相接触，其中，所述第三引物组包含对含有序列
变异的cMET序列进行扩增的引物对亚组；
对包含所述样本的所述第二部分和所述第三引物组的反应混合物实施PCR扩增方案，
所述扩增方案包括链分离、引物退火和引物延伸的循环；
检测各引物对的扩增子水平，其中，扩增子的存在表明存在该引物对对其具有特异性
的序列变异。
13.如权利要求12所述的测定法，其中，cMET的一种或多种序列变异为SNP。
14.如权利要求12或13所述的测定法，其中，cMETSNP选自于由下列SNP所组成的组：
S1058P、V1101I、H1112Y、H1124D、G1137V、M1149T、V1206L、L1213V、K1262R、M1268T、
V1238I、Y1248C和D1246N(SEQIDNO：131)。
15.如权利要求12-14中任一项所述的测定法，其中，对S1058P、V1101I、H1112Y、
H1124D、G1137V、M1149T、V1206L、L1213V、K1262R、M1268T、V1238I、Y1248C和D1246N(SEQID
NO：131)进行检测。
16.如权利要求12-15中任一项所述的测定法，其中，对于两个反应均使用相同的PCR热
循环方案。
17.如权利要求1-16中任一项所述的测定法，其中，所述核酸样本由FFPE肿瘤样本制
备。
18.如权利要求1-17中任一项所述的测定法，其中，所述样本包含来自受试者的肿瘤细
胞，所述受试者诊断患有选自于由如下病症所组成的组中的病症：
胃癌、肾癌、胆管瘤、肺癌、脑癌、宫颈癌、结肠癌、头颈部癌、肝细胞瘤、非小细胞肺癌、
黑色素瘤、间皮瘤、多发性骨髓瘤、卵巢癌、肉瘤和甲状腺癌。
19.如权利要求1-18中任一项所述的测定法，其中，一种或多种所述引物为双结构域引
物。
20.如权利要求1-19中任一项所述的测定法，其中，来自引物对亚组的两种以上引物对
的扩增产物为可区分的。
21.如权利要求1-20中任一项所述的测定法，其中，借助有区别的大小将来自引物对亚
组的两种以上引物对的扩增产物区分开。
22.如权利要求1-21中任一项所述的测定法，其中，通过用不同的可检测标记物进行标
记，将来自引物对亚组的两种以上引物对的扩增产物区分开。
23.如权利要求1-22中任一项所述的测定法，其中，通过用不同的可检测标记物进行标
记，将来自所述第一引物组和所述第二引物组的扩增产物区分开。
24.如权利要求1-23中任一项所述的测定法，其中，一种或多种所述引物选自于由SEQ
IDNO：1-SEQIDNO：83所组成的组。
25.如权利要求1-24中任一项所述的测定法，其中，一种或多种所述引物包含SEQID
NO：89-SEQIDNO：124中的任何序列。
26.如权利要求1-25中任一项所述的测定法，其中，所述引物以约为表2的浓度存在于
所述反应混合物中。
27.一种用于对cMET的改变进行检测的方法，所述方法包括：
将核酸样本的部分与对cME...
【专利技术属性】
技术研发人员：乔克·诺林，希兰·马登纳哈利·迪瓦卡，
申请(专利权)人：佳根曼斯菲尔德有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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