【技术实现步骤摘要】
【专利说明】
本专利技术属于分子生物学
以及信息
,本专利技术涉及一种,本方法适用于小样本的基因芯片实验设计。
技术介绍
基因芯片,是指将许多已知序列寡核苷酸或cDNA片段有规律地排列在基片上,将待测的样品与芯片互补配对原则进行杂交。通过荧光检测系统对芯片进行扫描,并配以计算机系统对每一探针上的荧光信号做出检测和比较,可以迅速得出实验结果。基因芯片可以对大量基因的表达水平进行快速、准确、高效地检测,且只需要少量样品。基因芯片技术有效且应用广泛。差别基因的识别是基因芯片分析及其重要的步骤。但是实际中,由于基因芯片价格昂贵,样本数量少,这类芯片数据目前的分析方法基本上是经验算法,其敏感性与特异性难以估计,有较大误差。本专利技术我们提出一种新算法,来对小样本基因芯片产生的差别基因进行筛选。
技术实现思路
本专利技术的目的在于公开一种,对小样本基因芯片差别基因进行筛选。为此,本专利技术给出的技术方案为: 步骤1,对芯片基因数据进行归一化处理,得到各芯片基因数据归一化数据D ; 步骤2,获取已知基因序列库L,以及各基因数据归一化表述DL ; 步骤3,设定差异阈值T; 步骤4,将基因芯片中基因和基因库中基因进行比较,获取二者差异DIFF=D-DL ; 步骤5,步骤4中,如果基因芯片中基因和基因库中所有基因的差异DIFF均大于阈值T,则定义为差别基因。本方法适用于小样本的基因芯片实验设计,克服了常规方法难以对小样本基因芯片进行差别基因片段的缺陷。【具体实施方式】以下结合实施例对本专利技术技术方案做进一步说明。本实施例中采用的本领域的常规方法对 ...
【技术保护点】
一种基因芯片差别基因识别方法,其特征在于,其特征在于,包括如下步骤:步骤1,对芯片基因数据进行归一化处理,得到各芯片基因数据归一化数据D;步骤2,获取已知基因序列库L,以及各基因数据归一化表述DL;步骤 3,设定差异阈值T;步骤 4,将基因芯片中基因和基因库中基因进行比较,获取二者差异DIFF=D‑DL;步骤 5,步骤4中,如果基因芯片中基因和基因库中所有基因的差异DIFF均大于阈值T,则定义为差别基因。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员:严冰冰,易雪莲,邹晓文,孔祥生,
申请(专利权)人:晶能生物技术上海有限公司,
类型:发明
国别省市:上海;31
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