采用评分技术的用于工程化核酸构建体的系统和方法技术方案

技术编号:11424467 阅读:112 留言:0更新日期:2015-05-07 03:17
提供了用于定义用于整合于生物体的位点L处的核酸构建体的系统和方法。接收核酸请求,每个这样的请求规定对L的遗传变化,并且扩展成组件多核苷酸。在一些实施方案中,将这些组件多核苷酸排列成不同的排列{AR1,…,ARm},在{AR1,…,ARm}中的每个排列ARi定义该组件多核苷酸的不同排列。在一些实施方案中,基于编码ARi的一部分的源构建体是否物理地存在为{AR1,…,ARm}中的每个ARi的确定评分Si。在一些实施方案中,基于ARf的该评分在{AR1,…,ARm}中选择ARf。在一些实施方案中,计算引物对以扩增不在这些源构建体中体现的ARf的部分。在一些实施方案中,由这些引物对扩增的ARf的这些部分和在这些源构建体中的ARf的这些部分按照由ARf规定的顺序限定该核酸构建体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】

【技术保护点】
一种限定用于整合到目标生物体或宿主细胞内的基因组位点L的工程化核酸构建体的方法,所述方法包括:(A)接收核酸请求群{NR1,…,NRn},其中n为大于1的正整数,在{NR1,…,NRn}中的每个核酸请求NRi规定对L的遗传变化;(B)将在{NR1,…,NRn}中的每个核酸请求NRi扩展成相对应的组件多核苷酸,从而形成组件多核苷酸群;(C)将所述组件多核苷酸群排列成连续排列ARi,其中所述排列使用连接子核酸序列将在所述组件多核苷酸群中的组件多核苷酸组合成所述连续排列ARi;(D)重复所述排列(C)直至形成连续排列的集合{AR1,…,ARm},其中m为大于1的正整数,所述连续排列的集合{AR1,…,ARm}表示在所述组件多核苷酸群中的组件多核苷酸的不同的连续排列群;(E)为在{AR1,…,ARm}中的每个各自的连续排列ARi确定评分Si,其中对于每个各自的连续排列ARi,当一个或多个源构建体确定为物理存在于冷冻储库中时,对所述评分Si做出了贡献,其中所述一个或多个物理存在的源构建体的每个都编码所述组件多核苷酸的一个或多个,并且其中在由所述一个或多个物理存在的源构建体编码的所述一个或多个组件多核苷酸中的每个各自的组件多核苷酸的3'或5'末端,或者3'和5'末端二者与在所述排列(C)中用于该对应的组件多核苷酸以形成所述ARi的对应的连接子核酸序列结合;并且(F)在{AR1,…,ARm}中选择具有满足选择标准的评分Si的最终连续排列ARf作为最优连续排列,其中ARf限定所述工程化核酸构建体,其中使用一台或多台适当程序化的计算机执行所述接收(A)、扩展(B)、排列(C)、重复(D)、确定(E)和选择(F)中的至少一步。...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员:D·M·普拉特M·W·比斯尔S·S·钱德拉B·L·霍索恩C·多兰J·E·迪安
申请(专利权)人:阿迈瑞斯公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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