提供了一种计算机实施的方法，该方法在数字图像中生成至少一种形状的感兴趣区域

治疗性T细胞可以由TIL群体(肿瘤浸润淋巴细胞)制备，使用在抗原呈递细胞中表达的肿瘤和患者特异性新抗原，以选择肿瘤反应性T细胞。然后将所选肿瘤反应性T细胞扩增并施用于患者。

提供了用于预测MHC

提出了癌症中应激诱导的突变的组学特征和与其相关的方法。有利地，可以表征特征并且可以计算得分以提供不能从组学数据中获得的对治疗有用的指导。

设想的系统和方法使用替莫唑胺的反应预测模型，该反应预测模型是基于RNAseq信息、蛋白质定量信息和甲基化信息，并且具有至少85％的预测准确度。

提供了一种计算机实施的方法，该方法在数字图像中生成至少一种形状的感兴趣区域。该方法包括：通过图像处理引擎获得对生物样品的数字组织图像的访问；通过该图像处理引擎将该数字组织图像平铺为图像补丁集合；通过该图像处理引擎从该图像补丁集合中的每个...

呈现了无需肿瘤组织而检测实体瘤中的MSI的方法。在特别优选的方法中，使用来自患者的血液样品从血清中分离ctDNA并且从白细胞中分离核DNA。通常经由一个或多个MSI基因座的扩增，然后将如此获得的DNA用作MSI检测的源材料。在特别优选的...

提出了用于分析组学数据并使用该组学数据来确定癌症的预后、预测治疗的结果和/或确定治疗的有效性的方法。在优选的方法中，获得来自患有癌症或疑似患有癌症的患者的血液，并获得多个癌症相关、炎症相关或DNA修复相关基因的血液组学数据。可以基于该组...

使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

将来自诊断为患有转移性乳腺癌的患者的肿瘤组织的转录组学数据聚簇，并且将该转录组学数据与这些患者的总体存活相关联。将来自与不良结果相关联的聚簇之一的基因子集用于产生存活预测模型，该存活预测模型基于多个基因的表达水平来预测存活时间。使用这样...

可能在等位基因之间差异性分布的复杂基因型、尤其是多个单核苷酸变异可以使用来自这些等位基因的RNA转录物的下一代测序和RNA转录物的等位基因分数信息有效地绘制在基因的每个等位基因中。等位基因之间的这样重构的单核苷酸变异可以与癌症疗法的预期...

可以使用选定的基因的DNA突变谱和RNA表达谱的组合更准确地确定转移性肿瘤的分子谱，这些选定的基因在抗肿瘤治疗后显示出实质变化。此类组合信息可以用于确定可能与对该抗肿瘤治疗的敏感性或抗性相关的差异途径活性。

通过加入RISC作为调节因子，将概率图形途径模型修改为包括miRNA调节。最优选地，使用因子图建立途径模型，并且RISC包含DICER、TARBP2和AGO2或AGO1/3/4。如此构建的途径模型可用于推断RISC活性，该RISC活性与...

披露了循环游离RNA(cfRNA)和/或循环肿瘤RNA(ctRNA)，它们用于鉴定和量化各种基因的表达水平并进一步允许非侵入性监测此类基因的变化。此外，对ct/cfRNA(和ct/cfDNA)的分析使得能基于循环游离cfRNA和/或ct...

披露了用于分离和使用cfRNA的组合物和方法。最优选地，该cfRNA包含患者和肿瘤特异性突变、和/或编码与免疫应答或免疫抑制相关的基因。cfRNA的身份和/或数量可以进一步用于诊断肿瘤、监测该肿瘤的预后、监测向这些患者提供的治疗的有效性...

使用患者组学数据中已知的SNP位置及其各自的等位基因频率的结果构建代表该患者组学数据的唯一散列。在最优选的方面，针对特定因素(例如，种族，性别等)选择这些已知的SNP位置，并且将等位基因部分以非线性标度的值表示。通常，该散列包括与这些已...

本发明的主题提供了用于诊断检测的识别的途径分析，其中识别了一种诊断检测的设备、系统和方法，该诊断检测用于根据病人的细胞的一个或多个特征确定特定疗法对特定病人是否有效。在利用治疗一个或多个疾病的潜力来开发药物或其它疗法时，该药物对与疾病相...

cfRNA用于鉴定和定量疾病相关基因的表达水平，并且进一步允许对此类基因的变化进行非侵入性监测。此外，疾病相关基因的定量分析将使得能够预测治疗反应，其中该治疗依赖于该疾病相关基因的存在。

本文提供了使用SRM/MRM测定来检测和定量参与由福尔马林固定肿瘤组织的生物样品制备的蛋白质消化物中的所有细胞过程的蛋白质的方法，所述细胞过程包括细胞分裂、细胞分化、细胞生长抑制、细胞代谢、细胞信号传导和肿瘤免疫应答/调节。所述SRM/...

提出了基于HLA等位基因类型和肿瘤抗原中存在的突变靶向肿瘤抗原用于免疫治疗的方法。患者的HLA等位基因类型和衍生自癌症驱动基因突变的肿瘤抗原可以与对同一肿瘤抗原具有最小亲和力的占多数的等位基因类型相匹配，或者与多个具有癌症治疗史的患者相...